A presença de SARS-CoV-2 em amostras de esgoto também pode ser estudada através de técnicas de sequenciamento genético para identificação de suas variantes

A identificação de variantes do Sars-CoV-2 é de extrema importância para a tomada de decisões governamentais e de saúde pública.

O sequenciamento é um método que identifica a correta sequência de bases nitrogenadas de um genoma, permitindo que não somente sejam identificadas mutações que caracterizam cada uma das variantes já conhecidas de SARS-CoV-2, como também permite o possível descobrimento de novas mutações. No caso do SARS-CoV-2, o material genético a ser sequenciado é uma fita de RNA. A equipe laboratorial é responsável pela extração e purificação do material genético viral das amostras coletadas e pelo processamento do mesmo até estar pronto para ser lido pelo sequenciador.

Após a leitura, o sequenciador gera milhares de pequenas sequências chamadas reads que são processadas e analisadas pelo profissional de Bioinformática. Este processo de análise dos dados do sequenciamento gera sequências consenso que são utilizadas para estudos das mutações e estudos evolutivos que permitem a correta identificação das variantes presentes nas amostras coletadas.

Nanopore é uma tecnologia recente que permite que o sequenciamento seja feito de forma rápida através da passagem do material genético por uma membrana sintética com nanoporos proteicos. Esta membrana possui uma carga elétrica e um nano sensor capaz de detectar esta carga. A cada base nitrogenada do material genético que passa pelo nanoporo, uma mudança na carga elétrica da membrana ocorre e o nano sensor identifica esta mudança e a relaciona com determinada base nitrogenada. A técnica, além de ser rápida, é também prática e o sequenciador, chamado MinION, possui o tamanho de um pen drive e pode ser transportado para qualquer lugar, permitindo que o sequenciamento seja feito no próprio local de coleta das amostras.